Farmakologiczne leczenie zatok polega na skorzystaniu z leków, których zadaniem jest przede wszystkim obkurczanie naczynia błony śluzowej, rozdzielanie wydzieliny, zwalczanie gorączki i działanie przeciwbólowe. Jeżeli jednak ta terapia nie przyniesie efektu lub gdy wystąpiło przewlekłe zapalenie zatok, konieczne bywa leczenie operacyjne. Chodzi tutaj o przywrócenie naturalnej budowy anatomicznej nosa i zatok oraz wszystkich ich elementów. Stan zapalny powoduje bowiem zmiany miejscowe w postaci polipów, torbieli czy ziarniny zapalanej. Wykonuje się wtedy funkcjonalną endoskopową operację nosa i zatok, a także cewnikowanie endoskopowe zatok, tzw. balonoplastykę.
Powikłana występujące po zapaleniu zatok dzielimy na dwie duże grupy; oczodołowych i wewnątrzczaszkowych. W tej pierwszej, na którą z uwagi na cienkie ściany zatok narażone są szczególnie dzieci, chorobami mogącymi zaatakować są m.in. ropowica oczodołu, ropień podkostnowy oraz rzadziej pozagałkowe zapaleniu nerwu wzrokowego. Powikłania wewnątrzczaszkowe to przede wszystkim zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, ropień mózgu i zakrzepowe zapalenie zatoki jamistej.
Zapalenia zatok, jak i w zasadzie żadnego kłopotu ze zdrowiem, nie można lekceważyć, ponieważ chociaż początkowo choroba mimo pewnej uciążliwości nie jest trudna do wyleczenia, to po pewnym czasie, gdy przechodzi w stan przewlekły może wywołać naprawdę poważne komplikacje i zakończyć się groźnymi problemami.
